Profesor Šponer se vědecky věnuje především strukturní molekulární biologii a biofyzice, fyzikální chemii mole‐ kulárních interakcí, výpočetní chemii, simulacím biopolymerů, strukturním studiím RNA molekul (ribozomům a ribozymům), DNA a protein‐DNA komplexům, kvantově‐chemickým studiím molekulárních interakcí v nukle‐ ových kyselinách a bioinformatice nukleových kyselin. Profesor Šponer patří s 12 tisíci citacemi mezi nejcitova‐ nější české vědce. Je vedoucím výzkumné skupiny Struktura a dynamika nukleových kyselin na Biofyzikálním ústavu AV ČR v Brně.